毕竟对面的人数有那么多，慢慢的消耗对方的有生力量才是最实在的办法，如果急于一时，陷入到对方人数海洋之中，那绝对是划不来的。于是在这样的情况下，黑田家的进攻进入了一个相对平和的时期，他们对二之丸和本丸只是围而不攻。被困在其中的本愿寺一方经常会组织炮灰出来消耗黑田家的实力，而这个时候就是黑田家水军部队展现自己力量的时候，多达三千余人的水军，基本上每一次都能够有一、两千人的斩获。
直到在本愿寺一方进行了五次这样的进攻之后，他们自己也受不了如此巨大的伤亡，这才消停了一些，因为城中的信众还是有害怕的。
见到没有人敢从二之丸之中出来，黑田家才再次开始往前推进，而在三之丸之中，原来给信众们居住的一些地势比较高的房屋，被黑田家随军工匠们改造成了，向二之丸进攻的前沿阵地！
有黑田家的明国水军，在这些房屋改装而成的平台上，对着二之丸里面的守军进行各种远程射击，消耗他们的人数和心理防线。
黑田家开始对二之丸进攻的时候，终于在本愿寺一方的军阵之中造成了混乱，而出现混乱的并不是作为炮灰的普通信众，而是作为精锐的僧兵。
当他们将这些普通信众作为炮灰的时候，他们口口声声说，只要喊着阿弥陀佛，就可以早登极乐，不受这人间之痛苦。
而当他们自己面对死亡的时候，他们的内心开始崩溃了，他们觉得怎么样防守最后都是一死，绝对逃不过黑田家的魔爪，所以他们自己做出了像黑田家投降的决定，希望通过这样的方式能够保住自己的性命。
但是这些走出二之丸，企图向黑田家投降的僧兵，没有一个能够活着走出石山本愿寺，因为他们自己就没有逃过黑田家士卒的屠杀。
在这之前小寺氏职已经再次强调过，对石山本愿寺一方能够进行屠杀，就绝对一个不留，他的态度是非常强硬的，因为在此时还愿意留在石山本愿寺之中的，就一定是一向宗的虔诚教徒，又或者是核心之人。
对于这些一向宗的虔诚之人，黑田家没有留着他们的必要，就算他们口中声称愿意改变自己的信仰，最后也绝对还是保留着对一向宗最虔诚的信仰，这是黑田家所绝对不能够答应的，也是对黑田家统治的威胁。
也就是说黑田家一方已经断了本愿寺中所有人降伏的可能性，在这种情况下，虽说本愿寺一方的组织抵抗肯定会变得更加的强烈。
但是对于小寺氏职来说，能够完成黑田职高交给他的任务才是最重要，至于帮黑田职高背锅，他是愿意的。
而且对于本愿寺这件事，黑田职高吩咐过一定要做到斩草除根，否则对于这种宗教性质的大名势力，绝对会春风吹又生。
就这样两边进行着极为惨烈的拉锯战，最后在黑田家三千水军不断射击的帮助下，以付出三千五百人为代价。最终将石山本愿寺城内所有的一向宗之人全部斩杀。而对于像本愿寺的本丸，最后甚至使用的是火攻，将本丸抵抗之人全部残忍烧死。
在进攻的过程中还有个小插曲，有一个黑田家的士卒看到一个刚刚年满五六岁的孩子，所以本来准备放过他，他多少心中还是有怜悯之心的。
谁知这个孩子在他转头的瞬间，用一把小刀对着他的后背插了过去。还好没有插中要害，而这个士卒最后将这孩子还是给杀掉了。有的时候就算你不想去杀别人，两边有着深深的仇恨之下，也不得不做出这样的事情。
人是极为复杂的动物，有的时候仇恨这种东西能够起到非常大的，能让一个孩子去拿起武器，也能够让本来善良的人，对一个孩子使用自己的武器。
整整数万人的生死，其实还是能够震动天下的，而同时附带着的还有小寺氏职这个名字传遍了天下，之前屠杀一万一向宗的人马，或许还是小事，毕竟屠杀这种东西，大名没有哪个没干过，就比如号称义理的上杉谦信，武田信玄都没有少做屠杀之事。但是一次性屠杀七、八万人，这实在是有些让天下英雄瞠目结舌。
与此同时黑田家这样的行为也让大家看到了，黑田家消灭净土真宗的决心！而是事实也是如此，净土真宗的总本山石山御坊真的被黑田家给夷为平地。
加上之前加贺一向宗已经被母里隆友铲除，而三河和长岛的一向宗，也分别被德川家康和织田信长给干掉，实际上天下之间的一向宗势力已经非常的稀少了。
这两份贺礼对于黑田义隆来说还是非常满意的，第一个别所家，那是横亘在黑田家东边已经数十年的势力，一直是黑田家的心腹大患。第二个本愿寺，又是黑田职高不喜欢，并且强烈要求必须将之消灭掉的势力。
与此同时，在消灭了石山本愿寺之后，终于让天下也对黑田家刮目相看的一次，原来黑田家之前能够让那些豪族、国人降服，已经是非常温柔的了。
要知道黑田家杀的那可是七、八万人，七、八万人是什么概念？有的大名家整个的人口加在一起还不一定有七、八万人那么多，黑田家却一次把更多人给杀掉了，没有任何的商量余地，这是什么样的手段，至少黑田家这一次的果决确实已经震慑到了很多人。
在知道这个消息的十天之后，德川家康带着自己麾下仅剩的一千余人降服，同时非常艰难的，接受了黑田家所提出来的，非常苛刻的仅仅只给德川家保留一个郡的条件，而在德川家康麾下的大部分武士，并没有离开德川家，而是接受了以非常低微的年俸，继续为德川家康效力的条件，这些三河武士真的是可以被称为像狗一样忠诚的麾下。