秦兵入城之后，一切都没有悬念了。虽然由于阉党提前全城戒严，通讯受到了限制，导致内外行动的时间不大协同，但总算有惊无险，在朱由检守住紫禁城的同时，秦兵也从永定门由南向北杀入外城，又一鼓作气突破正阳门，杀入内城之中。
而阉党控制下的五军营，再加上一部分五城兵马司的兵力，以及东厂、锦衣卫的打手，合计虽也有将近两万人，但皆是步兵，又从未经历过真正的战场，再加上分散于城中各处，哪能和身经百战、矢志护驾的秦兵相比？从永定门直到皇城的南门承天门，是一条宽阔平坦的青石大道，以郝永忠为首的轻骑兵先头部队势如摧枯拉朽，一个冲锋就杀到了承天门外。
而此次行动的总指挥李定国见郝永忠已经得手，一方面继续挥兵入城，另一方面委派解胜指挥三千偏师兵分两路，在城外沿着城墙左右包抄，封死所有出城之路，让乱兵一个也无法逃脱。
而乱兵方面，两个指挥官里，一个王朝奉重伤被逮，一个崔呈秀跳城自杀，已是群龙无首，彻底陷入混乱之中。有的拼命往小胡同里钻，有的甚至扒掉甲胄想冒充老百姓，还有的想负隅顽抗，结果秦兵别说火器，连刀枪都不用，直接纵马冲过，这些人登时被踏做一团血肉模糊的烂泥。
时间不长，郝永忠已经攻破承天门。其实杀到这里，已经没有什么像样的战斗了，乱兵只顾逃命，根本无力抵抗，倒是高大的城台和皇城宫墙给秦兵造成了一定的阻碍。秦兵是星夜奔袭而来，当然不会携带重型攻城器械，但这也难不倒他们，郝永忠命令骑兵下马“蚁附攻城”，简单地说就是搭成“人梯”，不多时就攀上无人防守的城门楼，再从里面打开城门。秦兵随即鼓噪而入，沿着御道一路向北，终于抵达了朱由检所在的午门之外！
此时郝永忠已经将长枪挂在鸟翅环上，双手高擎一面大旗，上绣一个斗大的“秦”字，向午门城头高声喊道：“秦兵奉诏护驾讨逆，守将速开宫门！”
朱由检听出是郝永忠的声音，一颗悬着的心终于放回肚里，激动得热泪盈眶道：“朕在这里！将士们辛苦了！”
秦兵这才发现曾经的秦王、现在的皇帝朱由检就在城头，忙轰然下马，齐齐地跪伏于地，整齐划一地高呼道：“吾皇万岁，万岁，万万岁！！！”
接下来的一夜，就是收拾残局了。由于文华殿已经被烧毁，朱由检就将午门上的城楼做为临时下榻之处。不过他可没时间睡觉，首先他命令秦兵继续在城中追剿乱兵，并重兵保护皇城及内外城诸城门；其次救灭文华殿的大火，安抚宫中受惊的先帝嫔妃；然后在京师的主要街道上彻夜巡视，并将六部、东厂、锦衣卫等官府设施严密地监管起来。当然，也不会少了魏忠贤等阉党分子的府第。
依着张惟贤等人的建议，应该连夜逮捕魏忠贤等人。不过朱由检疲惫地摇摇头道：“魏忠贤并未直接指挥乱兵，而且他素为先帝倚重，如今先帝刚刚驾崩，朕就将魏忠贤锁拿，似乎对先帝不恭。不如等明日朝会再做道理。”
张惟贤大惑不解，还想进言，朱由检却忙活别的去了。
第二日清晨，京师所有七品以上官员都接到通知，马上赶赴乾清宫参加朝会！这次可没人敢装病或是偷懒了，因为谁都知道京师昨夜发生了大变故，崇祯密诏勤王军攻入城内，一举消灭了阉党控制的五军营。没想到这个年龄未满十七岁的青年皇帝看似与他哥哥一样荒唐，却有如此雷霆手段，谁还敢有半分不敬之心！
阉党分子自是感到末日到来，又不敢不去，只得简单向家人交待几句后事，面如死灰地赶赴“刑场”；平日自觉和阉党较为疏远的大臣们，则是洋洋得意，心想这次皇帝扳倒了魏忠贤，正所谓“一朝天子一朝臣”，自己可就有了出头之日。只要重重地参奏魏忠贤，讨得皇帝欢心，飞黄腾达也许就在今朝。
出家门来到街上，见各处要道均有全副武装的秦兵把守，尤其是进入皇城以后，更是戒备森严，气象与往日大不相同。众官从东华门外集合以后，数百人排成长队依次入宫，路过被烧成断壁残垣的文华殿，心中不禁惴惴，暗想崇祯也是九死一生，正所谓天子一怒伏尸百万，只怕京师之内是要血流成河了。
来到乾清宫外，众官正要按以往的规矩，由四品以上官员入宫觐见，却见崇祯皇帝在两员全身披挂的年轻将领陪同下，径直站到殿门之外，先环顾全场沉默片刻，然后缓慢而又坚定地道：“列位臣工，想必你们已经知道了，昨夜京师有乱兵企图谋逆，已经被朕派兵镇压了。现在朕有数道旨意，李来亨，宣！”
他身旁的一位年轻将领立即踏前一步，捧着一叠圣旨依次朗声宣读起来。主要内容包括：一，崔呈秀、王朝奉拥兵叛乱，罪在不赦。崔呈秀已死不问，着三法司会审王朝奉，严审定谳；二，根据掌握的大量贪赃枉法、迫害无辜官民的铁证，立即逮捕田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕等“五虎”，以及田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元等“五彪”，同样交三法司审讯；三，由于宫中四卫、五城兵马司及三大营中皆有参与叛乱者，暂时解除上述各部所有将领之职，待审查清楚之后，未参与者官复原职，确参与者则依律定罪。至于所部官军，暂时收缴兵器禁于营中，京师内外城防务暂归逍遥伯周奎指挥，皇城之内则由崇祯皇帝做藩王时的贴身侍卫、刚刚升任武骧左卫指挥使的燕凌负总责，三大营则由勤王军中的参将李定国、解胜、郝永忠暂管。
李来亨一边宣读着圣旨，秦兵已经动手抓人，将田吉等官员直接从班中揪了出来，剥掉朝服，押往刑部大牢。
众官鸦雀无声地听完宣旨，都觉得有些诧异，因为这些圣旨只是对一些具体事宜做出了安排，却只字未提如何处理阉党的魁首魏忠贤。有人脑子转得真快，当即出列奏道：“臣参劾东厂太监魏忠贤实为叛乱主谋！”
他这么一带头，几十名大臣也抢着参劾魏忠贤，拼命把各种罪名往魏忠贤脑袋上扣。看他们那义愤填膺的架势，如果魏忠贤在场的话，他们恨不得能冲上去将他活活咬死。
朱由检冷冷地看着他们的表演，待众人都觉得讪讪的而停止住的时候，朱由检故作惊讶地道：“既然魏忠贤有这么多大罪，前日钱嘉征参劾他的时候，你们都干什么去了？”