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随着古河公方公开向小笠原辉长投降，关东大震，一部分国人和豪族准备隔岸观火了。
位于常陆的佐竹家，上总的真里谷家（武田家）纷纷派出使者跟小笠原辉长联系，辉长直接就答应了。
当然，辉长知道这些国人靠不住，当然是要他们交出人质的，而且，最重要的是他得击败上杉辉虎的大军，才能让那些关东国人认可他。
可惜小笠原辉长没有把握在野战中击败上杉辉虎，哪怕是武田晴信，已经有天下人之资的织田信长在野战之中被上杉辉虎击败。
哪怕是相模之狮北条氏康也只能依托城池之利与上杉辉虎对抗。
而且按照现有的局势，小笠原辉长没必要急着去与上杉辉虎交战，他完全可以慢慢的调略武藏下野等地的国人。
上杉辉虎是一个点歪了属性点的主君，野战无敌的他，攻城几乎没赢过，内政勉勉强强，所以，时间拖下去对于小笠原辉长是很有利的事情。
到了七月，小笠原辉长下达了一个新的命令，那就是一国一城令。
这个指令一下达，新收复的远江、骏河、伊豆三国影响很大，相模的北条家、安房的里见家、常陆的佐竹家等大为震动。
损失最大的就是各地的国人和豪族，他们必须得住进守护的居城里，这样就减少了大量的割据势力，内部斗争都局限在了守护的居城里。
在一国（此处的“国”是指令制国，或大名的领国（之后的藩））中，由大名所居住作为政厅所在的城只能保留一个，其余的城必须全部废除，但需要注意的是被废弃的城池大多是鎌仓幕府时期修建的具有军事防御功能的山城。
各大名为了确立对家臣的支配管理，将家臣们自主修筑的城池废弃掉，让家臣们向大名自己修筑的城内集中。
到了此时，城池不再单单是一个军事据点，而是政治据点与大名权威、权力的象征。
于此同时，因为城池成为领国内的经济中心，所以商人和手工业者也纷纷向此聚集，这样便形成了城下町。
在一个令制国由复数的大名分割领有的情形下，各大名各有一城。
一个大名家领有复数的令制国时，领有的各令制国各有一城。
此一法制并非一刀切的实施，而是有弹性的运用。
比如井伊家对于小笠原辉长平定今川家有大功，所以决定留下他们家的居城。
按照一国一城令，令制国内有数个大名，则二十万石以上的才能建造居城，其余不足二十万石的大名都将居住于守护居城内。
按照小笠原辉长的规定，小笠原家内的家臣并没有哪一个是有二十万石的，基本都是万石左右。
所以按照一国一城令，他的家臣们都得居住于他规定的居城内。
如，美浓国内，家臣们都必须废掉居城，全部搬迁到稻叶山城居住，至于他们的领地内务都将交给家臣团处理。
家臣团在领地里不能修建城池，只能修建阵屋或是庄园，防御力并不高，但是可以防御山贼暴民等。
为了防止家臣起异心，小笠原辉长设立了三大佬九奉行共十二人的顶层家臣团。
三大佬为各个家臣家中的谱代重臣担任，每一位大佬可以管理三个奉行，商议事情由其十二人表决，不过三大佬的票数为九票，也就是一人三票。
这九位奉行因为事物分为外务奉行、内务奉行、武奉行、礼奉行、吏奉行、工奉行、商奉行、刑奉行、治安奉行。
外务奉行主管外交事宜，主要是与朝廷和幕府之间的联络，内务奉行就是指管理领国内部事务的，包括行政事务。
武奉行主管武士、足轻的安排等事情，同时还有考核武士武艺的职责，当幕府有战事征召时由武奉行与幕府对接。
礼奉行主管家内礼仪以及武士文化类考核。吏奉行安排家内武士在家中的任职，其余九位奉行里的官吏皆由吏奉行推举给三大佬。
工奉行主管国内建设，包括基础建设和民事建设，国内居民修筑建筑都需要找工奉行登记。战时有打造武器之责。
商奉行主管领国内商业行为，督促商人们交税。刑奉行主要就是抓捕违反律法的事情，包括武士都可以抓。
这些适用于一万石以上的大名可用。
一万石以下的可以自行安排。
至于小笠原辉长这里就设立了秘密部门，部长就是饭纲信元统领，副部长为出蒲清种，以及伊贺国的守护仁木义政被小笠原辉长的条件降服，投靠了小笠原辉长。
以至于伊贺国的国人服部氏加入小笠原辉长的麾下。
服部氏出名的就是服部半藏了。
伊贺众由着名的“三上忍”统领，即服部、百地和藤林。
服部氏相当有名，因为他们志向高、眼界宽，敢于走出伊贺的崇山峻岭，去别处混饭吃，首领之一的服部半藏正成侍奉德川家康，屡建奇功，最终领八千石俸禄，成为产业较大的地主和政府官员。
服部正成，乃德川十六神将之一，又号称“鬼半藏”。
服部家是出自伊贺国的豪族。出侍室町幕府十二代将军足利义晴，室町幕府衰退后；父亲保长与松平清康（德川家康祖父）有来往而受清康征召，为赴松平家埋姓，改姓服部。
半藏麾下的伊贺同心兵士中有不少是伊贺忍者。因此流传至后世的印象中，服部半藏之名代表着德川氏有名的忍者军团。
1569年，挂川城攻战中，又协助本多重次落城。1572年，在三方原合战中再次立下大功，并得到家康的重赏。
1579年，家康的长子松平信康被迫在二吴城切腹。据说是已经被任命为天方山城守的服部半藏担当了信康的介错。
但是半藏整个过程都伏地大哭，连刀都不能举起。但这种说法没有足够的史料支持。
最重要的是1582年，本能寺之变爆发，织田信长因明智光秀叛变于本能寺战死。
当时家康受邀在堺市游览，正准备赶回京都接受信长新的款待，突然先发京都的家臣本多忠胜前来禀报：“主公，出事了……”家康注目服部半藏，半藏利用手下忍者，很快就查明了消息的准确性——作为忍者集团，为主家打探各地情报本是不需要特别分派的任务。
当时京都附近都是明智及其党羽的部队，还有很多趁乱袭击落难武士的“山伏”〔即山贼，但大多由农民兼任〕，家康此行目的本是游山玩水，所以随从只有十余人，根本无法保障自己的安全。
自度不免的家康当场就要自杀，却被半藏劝住了：“只要逃回三河国，就是咱们的地盘了。请交给属下吧，属下一定护送主公安全抵达！”
半藏所以会有如此自信，因为当时伊贺、甲贺的忍者集团都被织田信长剿灭，残余势力正藏在群山中嗷嗷待哺，半藏有把握将这些没饭吃的老乡招出来帮忙。
因此商定的逃脱路线，是从京都附近的宇治川向西进入伊贺国，穿过伊贺的崇山峻岭，最后从伊贺国白子港坐船逃离。
德川家康迁都至江户城时，半藏负责江户城西门的警备、因此这个西门到德川幕府结束都还有‘半藏门’的称呼。
正成之长子正就在大坂城夏之阵之役战死，次子正重后来因事改易，服部家因而断绝。
但正成创建的德川忍者集团，日后成为幕府公仪隐密集团，为幕府监视诸侯举动的利器，对于德川江户政权二百多年的安定有不可磨灭的功绩。
现在服部保长因为小笠原辉长的命令不得不退位，把家督的位置让给了只有十几岁的服部正成。
而服部正成则转仕小笠原辉长麾下。
这支忍者集团分了好几个支部，一部打探各地的情报，监视等等，一部打探战场情报，一部监视国内情况，还有一部是负责刺杀等行动。
总之忍者在小笠原辉长的领国里全部规范化，上中下三忍级别分级明确。
而且只有小笠原家的忍者才叫忍者，其余与忍者相关的某某众一经发现就是捕杀。
这也让饭纲众等成了历史。
这一系列新的法令一出来，立马就让人知道了他的心思。
足利义昭知道后当即破口大骂道：“贼子，叛臣！必须出兵灭了他！”
明智光秀进言道：“殿下，这个法令一出，一定会让小笠原家内部不稳，殿下，上杉殿，这可是个大好的机会啊。”
宇佐美定满也说道：“一旦我军集结攻打小笠原家，那些刚刚降服小笠原家的大名一定会背叛小笠原家的。”
上杉辉虎摆摆手，说道：“那就召集士兵出战吧。”
可惜时间还是四五月，他们虽然商议要出兵，但是至少要等到七八月才能出战，这一劫是最早的时间了。
有着大军的镇压，东海道的领国没有几个敢跳出来反对的，反对的都已经小笠原辉长给干掉了。
他在远江骏河伊豆留下三个代官就返回了信浓。
此时他的长子已经七岁了，这些时间都是他在亲自教导自己的儿子。
同时嫁到小笠原家的织田市如今也有十二岁了，虽然还小，但是已经长得亭亭玉立，她的姐姐阿犬都已经生了三个孩子，其中第一个出生的孩子已经过继到了织田家，成为了织田家的家主。
手底下的家臣有前田利家，前田庆次，森长可等文臣猛将。
他还有一个儿子过继到了甲斐武田家，手底下也有穴山信君等家臣。
总之，小笠原辉长生了不少儿子，过继到其他家的就有好几个了，哪怕是飞驒已经灭绝的京极家，他也拿出一个儿子过继了过去继承家名。
时间很快到了七月，在足利义昭的催促下，上杉辉虎征集了四万大军，此时的他势力已经大不如前。
这一次联军攻打的是相模的北条家，他们的目的就是先把关东稳定。
小笠原辉长不得不领军五万，从甲斐进入东海道支援相模。
同时他派出了真田幸隆前去调略忍城的成田长泰，这个被上杉辉虎当街羞辱过的人，他对上杉辉虎的愤恨深入骨髓里。
果然，成田长泰立马反水，这让聚集在小田原城的联军腹背受敌，粮道和后路有危险。
小笠原辉长趁着联军士气大乱的时候，领军与联军交战，那些心不在焉的国人豪族大军惨败，四处奔逃。
只有上杉辉虎率领的越后死战，才打退小笠原辉长的大军，但是上杉辉虎的越后军也屋无力再战，只能撤退。
随后又被小笠原辉长率军追杀了一阵，打的联军四分五裂。
如此武藏丢了差点丢了全境，只剩下上杉朝宁的居城，但是很快就被小笠原军攻破了。
这一下武藏下野下总等也被攻陷，越后上杉家只有上野国和越后两国了。
这吓得上杉宪政舍弃了平井城跑回了越后。
这一下小笠原辉长在关东大势已成基本无人敢反抗，反抗的直接灭掉了。
越后有上杉辉虎他不好打，上野有长野业正他也不好打。
他便把目光看向了陆奥和出羽。
陆奥主要势力：安东氏，南部氏，大浦氏，大崎氏，留守氏，葛西氏，伊达氏，芦名氏，相马氏，田山氏，二阶堂氏，田村氏，石川氏，斯波氏，北田氏。
出羽主要势力：户泽氏，小野寺氏、最上氏、大宝寺氏、由利十二头。
现在南澳州最大的势力就是伊达家，弘治元年（1555年）伊达晴宗获朝廷封为左京大夫，後更成功获得幕府任命奥州探题一职，任命桑折贞长及牧野久仲为奥州守护代。
伊达晴宗在得知关东消息，以及自己的亦敌亦友的佐竹家向小笠原家降服，老练的伊达晴宗也打算降服。
不过他的儿子伊达辉宗觉得没必要，至少也要等小笠原家打过来再说。
不过伊达晴宗为了表示自己的善意还是派出了使者出使小笠原家，希望能达成通商结盟的意愿。