京通仓的储粮被盗卖近四百万石，这事可不是小事，在朱载坖的严令之下，三法司和厂卫开始严审涉案的这些人员，要求他们退出赃款，朱载坖可没有这个耐心，直接下令将涉案的小吏、奸商、官员全部抄家，男丁遣戍，女的送教坊司，他们是太平日子过久了，不知道厂卫是干什么吃的了。
当然也有部分官员认为朱载坖这次诛戮太过，上疏劝谏朱载坖，认为圣君治国，应以仁恕为本，要求朱载坖对这些人予以宽大处理，对于这些奏疏，朱载坖只是御批了一句，卿当太祖成祖时上此疏也！
有种你在朱重八和朱老四在位的时候去说这件事，看他们赏不赏你。
不仅如此，朱载坖很清楚，他们贪墨的远远不止四百万石的储粮，历年以来他们贪墨之数，不知道是多少倍于四百万石，不仅仅如此，仓场中的一些弊端也在严查之下被暴露出来。
在整个漕运的过程中，受盘剥最重的就是运军，运军到达张家湾时，当地太监则强行给予他们布囊，让他们装米运 上太监所造的剥船剥运粮食，并趁机索要钱财。在各闸坝剥运时，因有经纪把持，如果不交纳足够的钱财，则故意拖延刁难。在京通二仓，从官吏直到军斗诸役，留难需索，蠡弊多端。
在这种情况下，运军大量逃亡，漕运难以为继，各地漕运官军起运漕粮抵达京通后，饱受各级官吏的勒索，不得不穷其所有甚至借债，以满足贪官污吏的苛剥从而完成漕运任务，大量的军士因此破产逃亡。
根据王国光等人的调查，运军缴纳漕粮，有部司之投批，有科道之挂号，有仓库之候收，各衙门逐一送验，胥吏需索百端，守候常至半月。仓场附近还有大量被这些小吏豢养的流氓，他们三五成群，专恃仓场收放，以为营生，号为楼扒，或称为光棍，或作为小脚等项名色，出入仓场，势如狼虎，榨取人财。是以收放之际，被其搅扰。
朱载坖这次整顿仓场，连他们也一道抓捕了，朱载坖下令，其中民愤大，恶行深的，就地正法，其余的这些流氓，一律罚作苦役，去疏浚通惠河，保证京通仓漕粮的运输。
当然，朱载坖在大刀阔斧的整顿仓场的时候，这帮人也不会坐以待毙的，不少漏网之鱼开始在京城散布谣言，说朝廷已经无米发给京营士卒了，说京通仓是空的，一时之间流言四起，京城米价陡然上涨。
面对这种形势，朱载坖一方面严令锦衣卫、五城兵马司在京城缉拿造谣生事的人，一方面从京通仓调运粮食，出粟平价，以纾民急，同时朱载坖还派人与李朝观等人沟通，要求京师的粮商不准随意涨价，作为回报，朱载坖会增加今岁开中盐引的数额，在多种手段之下，尽管这次引发了一些波澜，但是很快就被压下去了。
而经过厂卫的三法司的审理，此案也很快告一段落，在朱载坖要求严厉追赃的指示下，这次仓场弊案的追赃数字创下了大明的记录，厂卫抄家达到五百余家，籍没的财产折合银两高达二百二十万两，还有从这些不法粮商手中追缴的储粮一百九十万石。
朱载坖下令，拿出一部分到东南、湖广购买粮食，补足账面八百余万石的储粮，再将今年的京运年例银发给九边，同时补充了一部分往年欠发的军饷。
而对于这些贪赃的小吏和奸商，三法司除了数额特别巨大的要求斩立决之外，剩余的都是拟的遣戍，朱载坖将三法司所拟定的判词驳回，明确要求，贪墨千两以上的绞，贪墨三千两以上的斩，一应奸商，全部斩立决。
刑部尚书黄光昇向朱载坖上疏，认为这样杀人太多，有伤天和，请求朱载坖宽恩减罪一等，朱载坖将黄光昇训斥罚俸，要求奉诏拟来勾决，除主犯在京师正法之外，剩余的罪囚，全部送京通仓正法，着京通仓全体官吏观刑。
在血淋淋的屠刀之下，京通仓新上任的这些官吏们终于知道朱载坖不是开玩笑的，当然朱载坖也很清楚，仅仅靠杀人是解决不了贪墨问题的，要是杀人能禁止贪墨的话，那老朱就禁绝贪墨的，尤其是仓场这种地方，天量的钱粮在此储积，而这帮小吏的工食银又极少，他们不去盗卖储粮才是怪事了。
经过和内阁、王国光等人的商量，朱载坖也增加了京通仓小吏的工食银，经过这次增加之后，即便是最底层的书吏，每月俸银加上工食银时二两，再加上月粮本色一石五斗，足够一家人过上相对富足的生活了。
同时运军的待遇也要增加，在朱载坖的直接干预下，运军运输漕粮的两月，除了月粮和行粮之外，额外发给二两饷银，但是同时也要求运军不得在路上拖延，必须尽快将漕粮运输到京通仓缴纳，同时在缴纳漕粮的时候，都察院派出御史临场监督，有弄虚作假和欺压运军的，御史当即处置。
同时朱载坖还要求河漕总督朱衡保证漕渠畅通，严禁随意改兑，朱载坖严斥户部：漕运粮米，岁有常数，系祖宗成法。即遇灾伤，自有蠲省常便。近来内外官奏免，任意纷更。该部一概题复，不闻执奏，坐损国储，是何道理？嗣后概不许改折漕粮，四百万本色，务必实贮，以为军国之用也！
朱载坖即位以来掀起的第一件大案，仓场弊案，就算是到此落下帷幕，朱载坖随后开始自己即位以来心心念念的一件事情，就是南兵北调，尤其是戚继光部的北调，现在东南的倭寇稍微有所收敛，朱载坖决定将戚继光及所部戚家军调至蓟镇来，用以拱卫京师。
朱载坖向内阁透露了这个想法，但是遭到了徐阶等人的反对，兵部尚书江东也不支持调南兵北上。