1862年9月，因曾国荃吉字营兵临天京南郊雨花台，忠王李秀成奉命督率三十万人马由苏州回援天京，在湘军遭受瘟疫之时展开猛攻，然而在兵力、装备占尽优势的情况下，历经44天鏖战，太平军最终却是铩羽而归。于是，为挽回败局，洪秀全制定了“进北攻南”的计划，命令李秀成渡江执行“进北攻南”战略。
1863年3月29日，李秀成大军赶到六安州，月中旬，李秀成亲自督师于六安城下鏖战十日，因湘军婴城固守，太平军伤亡惨重，三月正是青黄不接之时，太平军都要断粮了，李秀成只得放弃进南攻北战略退回寿州，然后往天京方向回撤。寿州久经军阀苗沛霖洗劫，一片赤地，李秀成大军开始饿肚子了，吃树皮充饥，不久近万人饿死。好不容易熬到五月，但是天京雨花台已被曾国荃湘军攻破，洪秀全又开始发怒了，急令李秀成不惜一切代价回天京救驾。李秀成带着数万疲倦之师奉命急奔，但在渡过长江之时，江水猛涨，道路被淹，太平军无法行军了。后面的清军又猛追上来了，李秀成只好到处搜集船只，先把将官们运过江。还没运完一半，清军就追上来了。滞留在江边的太平军和清军打成一团，一万多太平军急着渡江而被淹死。还有两万多人在和清军混战中阵亡。李秀成大军损失大半，而且和州、江浦、浦口、下关、九洑洲等重要关隘城池因长江流域百年不遇的大雨引发洪水遭到湘军水师猛攻都丢了。可以说是惨败。这个“进北攻南”的计划彻底失败了，损兵折将，弃关丢城，战场主动权失尽。对于“进北攻南”计划，只能说想法很成功，现实却很悲剧。李秀成狼狈地回到天京城，又接手了守卫天京的重任，从此再也没有出过天京城，直到一年后天京陷落。
1863年4月，石达开横渡金沙江，5月到达了大渡河，兵临紫打地。由于未能及时渡江，在逗留三天后，河水暴涨，清军云集，彝兵反目，1863年5月，在滔滔的大渡河畔，贻误战机的翼王石达开的四万大军陷入清军的重围，最终全军覆没。面对着滔滔江水，石达开慨然而叹，留下了“ 大江横我前， 临流曷能渡”无奈之语。
1862年围攻颖州失败后，张乐行回到雉河集。在得知陈玉成被擒的消息后，他率军救援未果，随后与苏天福合军进军宿州，但遭到清军阻击。1863年2月，张乐行在张村铺与清军决战，全军覆没，仅带领十余骑逃脱，最终，在西阳集被叛将李家英出卖，与儿子张和、义子王婉，被宿州知州英翰一同逮捕，押往僧格林沁大营残忍杀害。
1863年是白号军最兴盛的时期。白号军抓住这个机会，一面用武装攻打清军，一面在各地开设“蓝白场”，公开向清军统治区的百姓卖粮。清军兵士，只要不带武器，同样可以去赶蓝白场，但必须用白号军的“嗣统通宝”(货币)。同时，号军还在蓝白场上利用唱花灯、唱戏的形式对清军统治区的农民进行政治宣传。
这时，清军湘军、淮军与洪秀全、李秀成的太平军在南京、江苏一带激战，僧格林沁等与捻军张宗禹部在山东周旋。吴亚忠率领余众突出重围，向桂西北转移。朱洪音的三合会在湖南坚持。
1863年4月，督办陕西军务的胜保被弹劾“骄纵贪淫，冒饷纳贿，拥兵纵寇，欺罔贻误”，最后被解职归京，交刑部受审，最后被慈禧以“讳败为胜，捏报战功，挟制朝廷”等多条罪状，赐令自尽。
陈玉成败死后，光复安徽已成泡影，陈得才等乃挥师南下，后辗转进入湖北枣阳，相继攻克随州、京山，围攻安陆（今钟祥）时遭清军顽强抵抗，久攻不克，清军援军源源不断开来，事先拟定的东进计划受阻，被迫掉头北上进入河南，1863年2月，陈得才回到了陕西渭南等地，魏宣武与其仍照旧约，陈得才于渭南等地屯垦，市价购物，不得在陕西强征丁壮，可招自愿者入伍。
魏宣武看到了洪秀全拜上帝教的虚伪和太平天国高层的腐朽衰落，于是加快发展陕西、河南根据地的科技经济，扩大仓库，大量囤积物资，除与清军发生小规模的防守战外，并不发一兵一卒参与洪、李等太平军与清军的战事。1863年1月，洪秀全诏魏宣武进天京共商国事，魏宣武以水陆不通，陕西、河南两地战事吃紧为由拒绝。1863年3月洪秀全命魏宣武配合李秀成攻打安徽六安州，李秀成也屡书求兵求粮，魏宣武均以各种理由拖延。1863年2月初，太平天国沃王、捻军张乐行约魏宣武在张村铺与清军决战，魏宣武令关保的第一师第一旅在毫州集结。当张乐行父子遇害后，统辖山东、河南军务，并直隶、山西四省督、抚、提、镇统兵大员均归其节制的僧格林沁于蒙城屠杀捻军，然后进攻毫州，被关保第一旅阻击。僧格林沁见毫州防守严密，料难攻取，就转入山东追剿张宗禹等残余捻军及宋景诗的黑旗军去了。
怎料张宗禹捻军往山东虚晃一枪回师皖北，重占雉河集，与苗沛霖声势相联，寿州苗沛霖见太平军势力有所恢复，靠山胜保已死，生怕清廷卸磨杀驴，又与太平军联络举起反清大旗。时清廷急调僧格林沁带骑兵火速攻苗，苗沛霖军首当其冲，双方在蒙城附近大战，苗家军大败，苗沛霖战死，苗家军李万春、赵玉华亦战死，童维翰被擒杀。张宗禹见状，又走山东，僧格林沁尾追而去。
1863年，宋景诗率部辗转返回山东临清，脱离了清军，不久再次扯旗反清，四处游走，与清军周旋。当年10月，被清科尔沁郡王僧格林沁的蒙古骑兵击败，混乱中，宋景诗离队出走，不知所终。
1863年太平天国慕王谭绍光率所部坚守苏州，12月4日在苏州慕王府主持召开军事会议时被叛徒纳王郜永宽、康王汪安钧等刺死，壮烈牺牲。12月6日，郜永宽在李鸿章设的宴席中出席，八人就座后，开始喝起酒来。酒席间，李鸿章让身边的八个武弁手捧红顶花领的武服递呈八人，郜永宽等人正要接受时，武弁们随即拔出腰刀砍杀了郜永宽等八个降将。终于，李鸿章实施了他杀降的行动，接着城内两万多降卒皆屠。
1863年2月，义军弹尽援绝，吴凌云率众突围，“中途遇伏，炮轰伤重”身亡。清军冲入陇罗，大肆烧杀淫掠，陇罗顷刻间被夷为平地，吴凌云领导的延陵国起义，归于失败。其子吴亚忠率领余众突出重围，向桂西北转移。他转战于归顺州城西北，屯扎于三台山。灵山农民军小张三前来会合。众推吴亚忠为首，小张三为副，继续坚持反清斗争。
1863年8月8日，袁甲三病重，魏宣武前往探视，袁甲三咳了半晌才断断续续说：“锐王，我有一事对不住你，当年黑衣人行刺是我安排的，这么多年了，此事一直藏在我心中，我有愧啊。”魏宣武道：“其实探子营都探明告诉我了，彼时各为其主，老先生不必挂怀。”袁甲三又道：“我走之后，还请锐王善待我的家人。”“魏宣武道：“老先生只管放心，小午兄乃人中俊杰，国之柱石，正要倚重的。”袁甲三闻言感佩拜谢。当夜，袁甲三卒。魏宣武厚葬袁甲三，以其子袁保恒为锐王府兵务司总司。
在开封的魏宣武接到苗沛霖战死的消息，看着他《秋霄独坐》中写的：“杜鹃啼血霜华白，魑魅窥人灯火青；我自横刀向天笑，此生休再误穷经。”不禁感叹，此人志大才疏，反复无常，如此谢幕也算是最好结局了。又对谭绍光的死无比惋惜，对郜永宽等八人无比愤恨，对李鸿章杀降的行为嗤之以鼻。魏宣武见各路英雄死的死，走的走，纷纷落幕，李秀成二十万大军奈何不了曾国荃二万湘军，就知道洪秀全已是强弩之末，接下来将要独自面对清军了。魏宣武知道，面对即将到来的狂风暴雨，唯有大力发展经济军工，训练军队，增强实力才能自保并争天下。1863年3月，魏宣武仿湘军建立抚恤制度，对死、伤、残士兵厚加抚恤。