1868年，在台湾，中国又同英国打了一场战争，同样以失败告终，清政府迫于压力又签订了一个《樟脑条约》，条约中废止樟脑官办，准许洋商往内地买办樟脑。 自此，英国人不仅控制了台湾樟脑的输出，还垄断了台湾当局樟脑的制造。1868年，中国的第一辆自行车出现在上海街头。1868年1月18日，福州船政局举行了第一艘轮船的龙骨安放典礼。同治七年（1868年），江南制造局造船厂造出了第一艘轮船，取名“惠吉”。
1866年12月，唐日荣与赖文光在湖北京山一战中，大败了淮军悍将郭松林。是役太平军联合捻军共歼敌6000余人，淮军副将张树珊战死，郭松林左脚跟亦被砍断。大胜之后的太平军将领又旧病复发，赖文光既嫉妒唐日荣的骁勇善战，又对他的人马垂涎三尺。一个大雪之夜，赖文光率心腹偷袭了对他毫不设防的唐日荣营帐，以其“通敌”之罪不容他申辩乱枪杀害了唐日荣。接着，赖文光又以同谋之罪处死了唐日荣数十位心腹，同时兼并了唐日荣之众。赖文光对唐日荣诬以谋叛，戮之，并其众，诸将虽不敢争，而颇自寒心，自后皆与遵王不甚亲附，以至于亡。1867年2月，东捻军意图在山东渡过运河到达东部富庶地区进行休整，渡河失败之后，遂转头由山东经河南，意欲由湖北入川，建立根据地。其后在湖北京山多次抢渡汉水失败，在尹隆河又遭遇湘淮军最强的鲍超和刘铭传部联手围攻，损失惨重。东捻军入川计划就此破产。转而东向山东胶莱河以东进军，以求觅粮就食。但不慎进入三面环海、一面阻河的胶东半岛绝地，活动范围被不断缩小，只能在山东、江苏间来回逃窜1867年11月，撤至江苏赣榆地区，准备修整，不料遭刘铭传部突袭，遵王赖文光率残兵突围南走，不久也在扬州被俘身亡，东捻军正式宣告灭亡。而东捻陷入重围之际，赖文光曾遣书张宗禹，向西捻求援。张宗禹得信后，立即率精骑趁黄河冰封，踏冰过河东进山西、河南，随后采用了“围魏救赵”之策，率部直扑直隶，兵锋一路克捷直抵北京卢沟桥边，清廷为之在京师戒严。但西捻军进入京畿重地后，立即遭到李鸿章剿捻大军的围攻，西捻军两万余人辗转于鲁西北，最后又被困于运河、黄河、大海之间的狭窄地带。恰逢连日大雨，捻骑不能奔驰，机动性大受限制。1868年8月在山东茌平最后一战中溃败，全军覆没。西捻首领张宗禹率十八骑突围而出，投徒骇河后密潜入开封投魏宣武，魏宣武设宴款待了张宗禹，初步为他讲了道，后送张宗禹入了教导营学习。至此，在太平天国运动失败四年之后，另一支声势浩大的农民起义武装——捻军也走到了尽头。1868年，捻亡后，清廷派足智多谋的左宗棠出掌西北，委任他为全权钦差大臣、陕甘总督，率麾下数万楚军开赴甘肃讨伐回民军。1868年，湘军席宝田等率军向号军基地进攻，川唐炯率1.2万人前来参战。3月朱明月等殉难。号军主要首领刘义顺退守轿顶山，最后至上大坪，上大坪失守后，被清军俘于途中，在成都就义。战斗了14年的号军起义至此失败。
1867年12月19日，李朝斌率江南水师三十营，辎重船载着陆战十营，屯于武昌城下。李朝斌日日用舰炮与武昌城上太平军大炮对轰，江西巡抚兼提督刘坤一带十营湘军、八十营江西兵勇、一万江西绿营兵出湖北攻武昌城，湖广总督李翰章在襄阳募兵五十营攻德安府。武昌城被李朝斌、刘坤一水陆两路包围，城上大炮虽然犀利，但李朝斌水师炮多，有大小炮一千多门，其中还有数百门购于洋人的洋炮，所以往往顾得了东就顾不了西，打了近两月，李朝斌水师舰船损毁一百多艘，城上大炮也炸坏了七门，炮兵伤亡了三分之一。湖广总督李翰章也趁太平军德安兵少攻破了德安府，德安太守左江南、教士曾林战死，提辖彭怀东重伤后被百姓所救。李翰章攻汉阳府不克，绕攻黄州府，收买太平军地方部队黄冈县统领刘良善，里应外合破了黄州府，黄州府太守安思忠、教士丁太一、黄冈县长毛恩、传教李朝三等六十多名府县官员被擒遇害，提辖刘义城以下七千余人战死，只有佐辖粟米子带二百多人逃脱。李翰章缴获了一批太平军武器，甚为宝爱，分送短枪给曾国藩、李鸿章，带队直抵武昌城下，与刘坤一日日用各种方法攻城。李汝楫、汤云、何崇政三人日夜巡守城池，千方百计应付清军攻城。俗话说，好虎架不住群狼，清军武器虽差，但胜在兵多，刘坤一甚至拉来了两门八千斤铜炮轰击城门，一度在宾阳门左侧轰出一宽三丈余的缺口，清兵蜂拥而至，从缺口入城，太平军冒着敌人炮火，一边用重炮射击清军铜炮，一边用野炮、步枪打击清兵，又用骑兵出宾阳门冲击清兵步队，辎重部队忙运来石头等材料，太平军逐渐堵住了这处缺口。但清军水陆三面连日进攻，太平军伤亡近三分之一，李汝楫、汤云、何崇政三人俱各带伤，武昌形势万分危急。
1868年2月7日，古大力接到探子报来武昌告急及围城清兵军情等，立率全部西征军、龙怒涛率太平军长江水师五艘铁甲舰，七十艘木制炮艇，向武昌急进。龙怒涛水师先到，罗伯特指挥各舰布阵后直取李朝斌江南水师。李朝斌也发现了龙怒涛的舰队，列阵相迎，双方在长江江面展开炮击，太平军使用了新研发生产的火箭弹。清军战船远远地就开了炮，但是每艘战船只有2、3门老式炮，不仅火力弱，而炮弹的命中率更是令人堪忧，况且还是实心弹，根本对铁甲舰造不成大损伤。太平军舰艏炮猛烈开火攻击清军战船，而清军战船还击的炮火却稀稀落落。太平军舰、艇火炮射速快、打得准、射程远，炮弹是开花葡萄弹和霰弹，一炸一大片，再加上还有火箭弹，不到半日，数百艘清军战船起火，水师兵勇被打得血肉横飞、魂飞胆丧，李朝斌主帅战船首先掉头逃跑，其他战船也是惊慌失措，纷纷逃命。但是太平军长江水师利用速度快，炮火猛，不停地射击，清军兵勇乱作一团，争相逃命，有的跳上舢板逃生，有的干脆跳入江中向岸边游去，还有被打死的沉入江底。九百多艘战船除五十多艘逃走外，其余不是被击沉，就是被遗弃，半日后，落后的数百艘清军长龙、舢板在江面燃起熊熊大火，江面火光冲天，浓烟滚滚。湘军陆战队见势不妙，都弃船逃上岸，投刘坤一的陆军去了。太平军水战大胜，解除了武昌水面包围，水师总教廖忠又带二十艘木制炮舰沿江轰击清军陆兵，刘坤一只得收缩驻地远离江边，武昌城防守压力顿时成倍减轻。1868年2月11日，古大力西征军第四野战师赶到武昌城外，立即掘壕筑垒建立营地，第二日中午，天气晴好，古大力大队赶到，太平军千炮齐发，刘坤一的湘军标准壕垒顷刻墙倒垒平，清兵先被炸晕，反应过来后就开始四散奔逃，只恨爹娘少生了两只脚，刘坤一喝止不住，独带十营老湘军凭险抵抗。古大力以四师攻刘坤一，自带五师攻李翰章，李翰章军大败，刘良善被活捉后处决，李翰章带百余亲兵逃跑，被太平军骑兵追上包围，李翰章被生俘。五师回攻侧击刘坤一军，刘坤一带少数卫队逃脱。古大力派任柱的骑兵旅收复黄州、德安，第四野战师克襄阳、荆门，第五野战师克宜昌、郧阳、施南，申建功忙着选派人员与各地天道教徒一起建立地方政权及部队，推行太平天国各项政策，湖北乃定。