由于不少人对变形金刚的历史不熟悉，所以很有必要在这里把前情背景进行简要说明一下。这件事还要追溯到很久很久以前的第二次世界大战时期。当时邪恶的霸天虎妄图借助纳粹去统治整个世界，但正义的汽车人则与人类并肩作战，共同对抗法西斯军团。于是，这两个阵营之间的激烈战斗便遍及了全球各地，导致生灵涂炭、民不聊生。
在汽车人的队伍中有一个医疗兵叫阿尔茜（载具形态是一辆微型救护车），但实际上她却是霸天虎安插在汽车人集团中的一名卧底。阿尔茜充分利用自己的职务之便，顺利地窃取了有关塞伯坦初始能量的机密，准备将其交给霸天虎，而这些机密也将成为霸天虎对抗汽车人部队时的杀手锏。
然而，命运似乎总是喜欢开玩笑，就在阿尔茜前往非洲执行一项秘密任务时，不幸的事情发生了。她的叛徒身份竟然被同行的马克4型坦克“斗牛犬”无意间识破了。面对这一突发情况，斗牛犬深知阿尔茜的存在对于整个汽车人团队来说都是一个巨大的威胁。为了维护汽车人的团结与稳定，避免负面舆论对团队造成更大的伤害，斗牛犬不得不做出一个艰难的决定——在这次任务中顺手除掉阿尔茜，以消除这个隐患。
于是，斗牛犬心生一计。他故意编造出自己发现了新的神秘能量源的谎言，成功地诱骗阿尔茜一同前往非洲东南部海域的一座活火山。当他们抵达火山口时，斗牛犬突然转身，一把抱住了毫无防备的阿尔茜，并迅速跳入了滚滚岩浆之中。与此同时，他毫不犹豫地点燃了腰间的手榴弹……
手榴弹爆炸所产生的巨大冲击波，如同引发了一场末日般的灾难。它瞬间引发了一系列的连锁反应，使得这座本就已极端不稳定的活火山爆发出前所未有的猛烈喷发。滚烫的岩浆如同一股毁灭的洪流，肆虐着周围的一切。这场可怕的火山爆发甚至将整座火山岛彻底夷为平地，抹去了一切曾经存在过的痕迹。
然而，就在火山剧烈爆炸前一秒，斗牛犬及时变回了坦克形态，凭借其坚固无比的装甲，成功避免了粉身碎骨的厄运。最终，他被强大的冲击波远远地抛射出去，降落在距离事发地点上百公里之外的一座荒岛上，完全失去了意识，进入假死状态。
与此同时，叛徒阿尔茜的运气却糟糕透顶。在爆炸发生前，她唯一能够做的就是向霸天虎发出求救信号，希望他们能够拯救自己。然而，无情的现实并没有给她带来任何帮助。随着一连串毁天灭地的爆炸，她的身躯被炸得四分五裂，残骸伴随着炽热的熔岩散落至周围数百平方公里的范围内。她所窃取的塞伯坦机密也在这个过程中不知所踪。
时光荏苒，转眼间许多年过去，地球成为了汽车人与霸天虎之间激烈战斗的舞台。这些惊心动魄的战斗使得众多曾经英勇无畏的战士们遭受重创，有的壮烈牺牲，有的身负重伤。即使那些幸运存活下来的战士，也无法再与人类相抗衡。面对这样残酷的现实，幸存的变形金刚们——无论是汽车人还是霸天虎——都别无选择，只能纷纷选择归隐田园，将自己伪装成各种载具形态，悄然离开人类的视线，在遥远的天涯海角过起隐居生活。
然而，在霸天虎的队伍中有这样一个角色，他在隐匿身份多年之后，决心重新出山，试图在地球这个舞台上再次掀起一阵风浪。这个人就是红蜘蛛，那架曾经藏匿在艾森豪威尔号航空母舰上的 F-16 战斗机！
命运似乎总是充满戏剧性，就在红蜘蛛准备大干一场的时候，发生了一件意想不到的事情：在那次导致航母失去动力的加拿大导弹误射事件中，红蜘蛛不幸遭受了爆炸冲击波的严重伤害，从此丧失了变形能力，只能以战斗机形态存在，还有一条机械手臂勉强能活动。因此，他不得不暂时放弃自己的野心，不甘心地留在废弃的航母里，期盼着有一天能够掌握有关塞伯坦能量源的秘密，从而实现自我修复。
直到有一天，他偶然间遇到了一个名叫张敏的地球女性，这个女人十分聪明并且充满了活力，给他留下了非常深刻的印象。然而，第一次见到张敏的时候，她还是一个完整的人；第二次再见面时，张敏就只剩下上半身的身体了；而当第三次见到她时，张敏已经变得浑身溃烂，病情严重到了无药可治的地步。
原来，张敏在遭受了岛上毒虫的叮咬之后，每天晚上都会强忍着病痛，拖着疲惫不堪的上半身在废弃的航母里寻找药物和治疗方法。就在她路过 F16 战斗机的时候，突然又一次陷入了深度昏迷之中。幸运的是，红蜘蛛及时将她救了下来。
不知道为什么，红蜘蛛隐约感觉到这个人类女孩可能有着特殊的使命，可以肩负起光复霸天虎的重任。但遗憾的是，她马上就要死去了。
在深思熟虑之后，红蜘蛛决定冒险一试。它取出了自己体内珍藏多年的珍贵火种，并尝试性地将其放入了张敏的体内。
火种那无比强大的能量，以摧枯拉朽之势战胜了张敏体内的剧毒，同时也让她的生物钟永远定格在了 28 岁！也就是说，只要不把火种还给红蜘蛛，那么在未来的日子里，张敏既不会衰老，也不会生病，还会拥有极强的自愈能力！
不过，正所谓“物极必反”，由于火种能量太过强大，而人类的身体又过于脆弱，所以即便张敏已经成功融合了火种，但她还是承受不住如此庞大的能量，直接陷入了昏迷之中。就这样，整整过了五年时间，张敏才终于从昏迷中慢慢苏醒了过来。
在这五年中的第一年，马苏的亡魂也顺着大海找到了这个地方。看着眼前躺在冰冷地板上的张敏，马苏伤心欲绝，不断试图唤醒好友。就在这时，旁边的红蜘蛛发现了马苏的到来。他认识马苏，所以便趁着马苏不备，偷偷使用塞伯坦压缩技术将她的亡魂捕获到了一个512Kb的相位存储器中。而红蜘蛛之所以这么做，就是想将马苏的亡魂当成自己手中的一张王牌，以便日后能够要挟和控制张敏。
张敏苏醒后，意识十分恍惚。红蜘蛛用战斗机形态与她交流，开始对她进行狂热的洗脑。他向张敏透露了塞伯坦文明的秘密，以及关于火种的基本知识。张敏的大脑被这些信息充斥着，很快接受并理解其中的奥秘。见张敏如此聪敏，红蜘蛛决定将她培养成霸天虎集团的一员，于是教给她如何运用火种的基础技巧，比如如何唤醒体内的火种能力等等。
将张敏强行拉入组织之后，红蜘蛛下达了第一个任务指令——找到并带回阿尔茜的残骸。他告诉张敏，几十年前，阿尔茜发出了最后的求救信号，而那个位置正好就在张敏曾经居住的荒岛附近。此外，红蜘蛛还提到在这个地方附近有一座神秘的蛇岛，也许那里能得到更多有关阿尔茜的线索和帮助。
得到任务后的张敏立刻启动了火种的力量，将自己传送回了位于荒岛上的下半身。当两半身体重新结合时，张敏感到一股强大的力量涌上心头，她的身体也随之变得完整，再也不会不受控制地被传送回艾森豪威尔号上了。然而，在她的潜意识深处，\"小草\"的天真善良人格仍然存在，偶尔会突然冒出来占据和控制她的身体。
为了完成红蜘蛛交代的任务，张敏和布欧共同打造了一艘木帆船，随后一同踏上了前往蛇岛的征程。经过一段漫长的航行，他们终于抵达了传说中的目的地——蛇岛。可就在此时，不幸降临，张敏和布欧被蛇岛的主人美杜莎所擒获，命运似乎又一次捉弄了他们。
作为蛇岛的第33任统治者，这群名为美杜莎的生物集合体已经生存了上百年之久。美杜莎的身体由数千条大小不一的蛇组成，能够随意变换身体形状，并能召唤和控制任意蛇类。它们对破坏自然的人类保持着天然的敌意，却把红蜘蛛奉为上神，具体原因先不做赘述。
时至今日，美杜莎依然记得那场惊天动地的火山爆发，这场灾难几乎将整个南半球短暂拉入冰河时期。在那漫天飘舞火山灰的日子里，它们带领着群蛇，在岛上努力寻找安全的避难所。
在逃亡的过程中，美杜莎偶然间在山坡上发现了一个奇怪的物体，它看起来像是一枚巨大的圆形炮弹，深深地嵌入了泥土之中。这个奇特的发现引起了它们的好奇心，但由于当时的紧迫情况，并没有太多时间去研究这个物体，只大概看出那东西由金属构成，直径大约 60 公分，外表裹着一层金属外壳，冰冷而坚硬，闪烁着冷冽的寒光。
它的外形酷似戴着头盔的人类头颅，但尺寸却要大上三倍，仿佛巨人一般。整个物体沉甸甸的，估计重量至少有两三百公斤。由于破损过于严重，表面的金属外壳破裂、扭曲，露出里面错综复杂的机械结构。原本应该是眼睛的位置现在只剩下两个空洞，像是被什么东西挖掉了一样。从这两个黑洞洞的眼眶里，可以看到内部复杂的机械零件，似乎还残留着一些能量波动。鼻子也已经消失不见，只有一道深深的裂缝贯穿整个脸部，让人无法想象它曾经的模样，只能隐约看出面部线条相对较为柔和。
美杜莎当时只顾着带领族群逃难，根本没把这事放在心上，毕竟对于它们来说，生存才是最重要的。这件事很快就被遗忘了，时间一天天过去，记忆渐渐模糊，这件事也被深埋在了脑海深处。
然而，这次张敏等人的突然造访，再次唤醒了美杜莎对往事的回忆。它们不禁想起了那个神秘的“铁疙瘩”，以及当初自己的初步分析。仔细一想，那东西确实挺像变形金刚的，和红蜘蛛大人属于同一族群。
于是，美杜莎把几十年前的这个发现告诉了张敏。张敏听完后，眼睛顿时一亮，立即断定那个金属头颅就是阿尔茜。毕竟，从时间、地点和外貌等方面来看，两者完全吻合！
张敏兴奋地问美杜莎：“可以带我们两个去那座掩埋着金属头颅的山吗？”然而，美杜莎却摇了摇头，表示只愿意带她一个人去。
“你那位同伴可能需要很长时间才能醒来，黑曼巴会在这里陪着他。”美杜莎吐着信子幽幽地说道。黑曼巴，也就是那条长达三十多米的丛林巨蚺，正是美杜莎最喜欢的宠物之一。
张敏心中明白，美杜莎这是在用布欧来要挟自己。但此刻，她也没有别的办法可想，只好暂时委屈一下布欧作为人质，等到合适的时机再回来找他。
于是，在蛇女美杜莎的带领下，张敏独自一人踏上了寻找阿尔茜头颅的征途。
整座蛇岛实际上主要由高低起伏、蜿蜒回转的狭长山脊构成，从天上看，就像一条盘踞在茫茫大海中的巨蛇，从头到尾长达80公里，如果选择步行的话，至少需要两天时间才能走完全程。
而此时的张敏正处于蛇岛的中部，这里地势相对平坦一些，属于整个岛屿的低洼区域。她的目的地则是位于蛇颈的位置，两者之间的距离约为10多公里，其间落差达到了四百多米，山丘起伏更是数不胜数。
如此艰辛的路程，对于刚刚苏醒的张敏来说无疑是巨大的挑战，可对于美杜莎而言却是易如反掌。只见她轻轻抖动着身躯，身体瞬间分裂成无数条绿色的小蛇，然后沿着崎岖的山路蜿蜒爬行。
张敏只能深一脚浅一脚地跟在泱泱蛇群后面，手中紧紧握着燃烧的火把，小心翼翼地用火把照亮脚下的山路，亦步亦趋地紧紧跟随。