朱见深孩子众多，一生中有十四个儿子，六个女儿。
长子是由万贵妃所生，出生于成化二年，还未为其取名便已夭折。
次子朱佑极，贤妃柏氏所生，出生于成化五年，两岁时被立为太子，成化八年夭折，谥号悼恭太子。
三子朱佑樘，出生于成化六年，是宫女纪氏所生，也就是后来的明孝宗。
四子朱佑杬，出生于成化十二年，嫔妃邵氏所生，后因明武宗朱厚照驾崩，因无子嗣，根据《皇明祖训》“兄终弟及”原则，朱厚熜以武宗堂弟身份继承皇位，即嘉靖帝，嘉靖即位不久后，便在长达三年的商议中。
杨廷和等大臣认为，朱厚熜应先过继到孝宗名下，以孝宗为皇考，才能继承大统，但朱厚熜认为遗诏是让他来当皇帝，而不是当皇子，他想追尊自己的生父朱佑杬为皇帝。
最终嘉靖帝获胜，他不顾群臣反对，追尊生父朱佑杬为“兴献帝”，后又加封为“献皇帝”，并追谥为“知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭俭敬文献皇帝”，庙号睿宗，牌位升祔太庙，排序在明武宗之上，最终为其父追赠为睿宗献皇帝。
五子朱佑棆，出生于成化十四年，嫔妃邵氏所生，被封为岐惠王。
六子朱佑槟，出生于成化十五年，庄懿德妃张氏所生，被封为益端王。
七子朱佑楎，出生于成化十五年，德妃张氏所生，被封为衡恭王。
八子朱佑枟，出生于成化十七年，嫔妃邵氏所生，被封为雍靖王。
九子朱佑榰，出生于成化十七年，妃姚氏所生，被封为寿定王。
第十子，出生于成化十九年，还未取名就夭折了，他是王敬妃所生。
十一子朱佑梈，出生于成化二十年，德妃张氏所生，被封为汝安王。
十二子朱佑橓，出生于成化二十一年，恭妃杨氏所生，被封为泾简王。
十三子朱佑枢，出生于成化二十二年，端妃潘氏所生，被封为荣庄王。
十四子朱佑楷，出生于成化二十三年，恭妃杨氏所生，被封为申懿王。
朱见深还有六个女儿，分别为仁和公主、永康公主、德清公主、长泰公主、仙游公主、嘉祥公主。
中后期对皇子们较为重视:
- 立储及培养：朱佑极出生后，朱见深很快将其立为太子，可见对其重视，期望他能继承大统。
朱佑樘被立为太子后，朱见深也开始关注他的成长和教育，为他安排良好的学习环境和师资。
- 封王与关爱：朱见深其他儿子出生后，基本都被封为藩王，赐予他们封地、财富和相应的待遇，保障他们的生活。
如朱佑杬被封为兴王，朱佑槟被封为益王等。对于儿子们的一些请求和事务，朱见深也会给予关注和处理，如儿子们的王府建造、婚娶等事宜，他都会按照皇室规格进行安排。
对女儿们给予正常的皇室待遇
- 朱见深的女儿们虽不像皇子那样涉及皇位继承等重大问题，但也都得到了应有的皇室待遇，被封为公主，安排了合适的婚姻，赐予相应的嫁妆等，让她们能在皇室的庇佑下生活。比如仁和公主、永康公主等都依照皇室制度下嫁婚配。
清朝编撰的史书中有一种说法，说是万贵妃因妒忌逼迫其它妃子堕胎，不过在明孝宗编撰的《明宪宗实录》中，万贵妃虽常常被言官弹劾，但没有一条是与逼迫其余妃子堕胎有关的。
有学者认为这应当是清朝故意抹黑明宪宗。
宪宗前期儿子少，主要是因当时后宫妃子少，宪宗专宠万贵妃，且万贵妃生子夭折后不能再生育，并非万贵妃迫害所致。
像商辂的《商文毅疏稿》还记载万贵妃对明孝宗“躬亲抚育，保护之勤，恩爱之厚，踰于巳出”，与《明史》中万贵妃迫害孝宗的说法不同。