最终于从文只从徐光启那里拿到了他的书籍着作，而孙元化已死，他的儿子们对大明十分失望，决议前去刘元昭那边效力。
他有三个儿子：孙和鼎、孙和斗、孙和京。孙和斗，屡次谢绝父亲部属的举荐，不愿为官，潜心整理父亲的文稿，编成《水一方人集》。
孙和斗也是被兄弟们劝着，要是崇祯发现他们在刘元昭把边，肯定会派人来找孙和斗，留在大明十分危险，还不如去刘元昭那边处理父亲的文稿。
于从文在一旁说道：“令尊曾为大明建设炮兵，吾皇也很重视，急缺像你们这样的人才，到了吾皇麾下，你们的才能就有用武之地！”
孙和斗叹了一口气：“去，是要去的，但是孔有德他们麾下有大批人原是我父亲麾下，有一群精锐炮兵，可惜了他们啊。”
于从文点头道：“你们放心，我这就向陛下请求支援，尽量救出这批炮兵。”
孙和斗拱手道：“如此，在下在此谢过。”
孙元化就是因为孔有德在登州的叛乱导致孙元化被杀，而孔有德最后投靠满清，为满清带去了先进的火器，以及炮手。
崇祯四年（1631）八月，皇太极率清兵攻大凌河（今辽宁锦县），祖大寿围于城内，粮尽援绝。孙元化奉命派兵赴援。
孙元化抚登时，辽人避战乱居山东者十万余人，孙认为辽人可用，重用了一批辽将，今要赴援辽省，急令孔有德以八百骑赶赴前线增援。
然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。
孔有德受毛文龙旧部李九成之子李应元的煽动，在吴桥发动叛乱，史称“吴桥兵变”。
后孔有德倒戈杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。
孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，与总兵官张可大发兵抗击，两路成合击之势。
然张焘与孔有德旧识，张焘的兵卒随即投入孔有德行列，而张可大部大败。
与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等，举火开门响应。
崇祯五年（1632）一月登州失陷。总兵张可大自杀，孙元化战败自刎未遂，为叛军所俘。
囹圄中的孙元化对孔有德等叛将晓以利害，明以大义，孔有德回心转意，请求招安。
朝廷也同意孙元化带罪招抚，但巡按王道纯藏匿了诏书，叛军长时间求招安不得，复乱。
孙元化又说服叛军，让他回朝陈明真相。
孙元化返京之际，王道纯袭击叛军，乱事扩大。兵变发生后，朝中多言孙元化已反。
三月孙元化、余大成等人被逮至京师镇抚司，为政敌余应桂、李梦辰、路振飞所陷害，狱中曾遭严刑。
至此，孙元化有口难辩，被崇祯以祸乱之首判处死罪。首辅周延儒欲免元化死罪，求救于徐光启，终无法挽回。（《明史》卷248）
最后余大成、宋光兰、王征等遣戍充军，崇祯五年七月二十三日（1632年9月7日），孙元化与张焘同被处死。孙元化在北京西市斩首，年仅51岁。
他的冤死一事，被其子孙和斗写进了《国恤家冤录》一书。遗体被儿子和部下迎葬于嘉定南门外的荒圩中，坟前立有一方石碑，上书“佥都御史孙元化墓”。（宋伯胤《孙元化着述略述》）
汤若望曾在孙元化死前乔装成送炭工入狱探望，为其最后告解。孙元化是天主教徒，圣名依纳爵，一生重视西方科学，为西洋火炮专家，孙元化之死，代表西方军事专家派淡出明朝军队。
孙元化短短一生，有两事影响历史。一以炮术报效国家，近则有功辽防，远则有利西学传播。二开教嘉定。两事均与教士东来、西学东渐相关。
可惜崇祯再失能臣，也可见明末朝争之残酷。
刘元昭得信，知道孙元化以死，也是哀叹，如此能人，若在自己麾下，可为助力。
他不至于要把训练炮兵一事托付给佛郎机人了。
而对于孔有德一事，刘元昭十分关注，若是让孔有德真的带着这伙掌握了火炮炮击的炮兵到了满清手中，简直就是如虎添翼。
上回就是连夜炸毁了皇太极的红夷大炮，才逼得皇太极与自己血战。而且一开始炮轰，皇太极这边也是击中率不高，打不破自己的坦克营，才不得已撤军。
一旦被皇太极追平，刘元昭将陷入苦战。
如今时间已经是九月了，蒙古这边已经是天寒地冻，他有点想像皇太极一样，从喜峰口一路杀进京畿，然后打到山东去。
不过他也怕皇太极趁机堵住喜峰口，与他一战，此时明军的勤王大军也会赶来，风险太高了。
不得已找来文书义道：“登州孔有德部虽为明廷叛军，但是他手中有一伙精锐炮兵，你可派人前去招揽，朕会派特战队配合。
一旦孔有德突围上船离开大明，不管你什么手段，一定要让这伙炮兵全死，绝不能让他们落到皇太极手中。”
特战队，已经扩展到三千六百人，刘元昭手中有一千二，乌兰城有一千二，归德城也有一千二。
文书义领命之后，吩咐自己心腹李福天去办此事，同时与特战中队长赵德全一同离开云中。
刘元昭知道孔有德会在明年投靠满清，他觉得这是个挑拨崇祯与皇太极之间关系的机会。
于是，刘元昭以求娶正室的名义派遣使团前去辽东，希望可以迎娶皇太极的妹妹或者女儿，两国结成兄弟之邦，共同南下，瓜分明朝。
皇太极岂不知刘元昭的心思，当然是当场拒绝，将使团人员侮辱一番遣送回刘元昭这边。
而刘元昭在向皇太极这边派遣使团时，就向于从文派出了信使，让他开始舆论攻击。
首先，经常内出现了，明廷与辽东女真和谈的消息，两国化敌为友，以山海关一带为界线，不再征伐，而且还有开通马市相互贸易。
一时间那是百姓群情激奋，大官豪商们背地里暗喜，表面不关己事。也有一些热血文人墨客抨击朝政，声称皇帝身边有奸臣。
随后，京城里又流传出辽东女真与蒙古草原上的刘元昭背地里已经定下联姻之策，刘元昭将南下攻打宣大一带，辽东女真继续攻打松锦一带。
流言越来越多，尘嚣而上。
就连崇祯也知道了。
他当即招来阁臣，询问他们道：“为何如此私密之事，闹得沸沸扬扬！如今百姓们怎么说？朕的名声该怎么办！”
周延儒老神在在，温体仁看了一眼幸灾乐祸的周延儒，硬着头皮道：“陛下，这定是刘元昭的人干的。”温体仁直接把锅丢了出去。
崇祯恼怒道：“真是太猖狂了，这些人为什么就抓不干净！叫骆养性过来！”
没多久骆养性前来拜见。
崇祯劈头盖脸的骂道：“骆养性，你这锦衣卫指挥使怎么干的，这流言闹得鸡飞狗跳了，你们锦衣卫一点动作都没有吗？源头在哪！”
骆养性跪在地上，头上冒着冷汗，道：“启奏陛下，臣已经带人在查了，这些人不漏痕迹，实在是前所未见的招术。
那些流传信息出来的人都是一些落魄学子，恰好想因此事，弄出点名声，所以他们专门找人多的地方说……”
“啪！”
崇祯气的拍案而起：“混账！朕不是在这里要听你的废话，朕要看结果，看结果！十天之内，把事情解决。”
骆养性浑身一颤抖，道：“臣领命！”
崇祯对阁臣们问道：“那些女真人靠得住吗？朕不太相信他们，或许他们真的和刘元昭在背地里有什么动作呢？”
周延儒连忙说道：“陛下说的对，皇太极的父亲努尔哈赤，本就是我大明武将，因李家养寇自重，才得以壮大实力。
有其父必有其子，皇太极此人有多少可信也不见得，陛下，臣以为，我们还是要谨慎一些。”
“朕知道了。”崇祯点头道，“既如此，到时候互市通商，严查粮食贸易！下旨告诉各边，一旦查到走私粮食，就可以直接扣押，抵作军粮。”
徐光启进言道：“陛下英明，臣以为不管是刘元昭还是皇太极都是敌人，都不可信，大明唯有靠自己才可以渡过难关。”
周延儒和温体仁等人是想反对啊，但是他们也不太敢说，这时候说这个肯定要被崇祯记上，太危险了。
骆养性自从皇宫里出来，心情就不畅快，这次不搞定流言一事，他最多还能活十天。
回到锦衣卫的北镇抚司，骆养性就下令道：“先把那些到处谈论流言的穷酸秀才都抓了，有身份就去找他父辈，告诉他，别被我骆养性逼急了。”
于是锦衣卫缇骑四出，到处抓捕冥顽不灵的人，一时间北京城里人心惶惶，人们又感受到了往日那个恐怖机构的恐惧。
就好像魏忠贤在时的东厂番子一样。
于从文见机添了一把火，他花重金买通了一个言官，让他弹劾锦衣卫行事嚣张，宛如阉党在位时。
这话气的崇祯脸都憋红了，事情是他让骆养性干的，这骂骆养性不就是骂自己吗？
但是他也不能打杀了这言官，这简直就是让这言官出名，真的是打又打不得，骂也骂不得。
散朝后，崇祯就找来了骆养性责问他手段太过酷烈，有损名声。
骆养性有些憋屈，不过想自己性命一事，他只能收起委屈。
刘元昭把北京城弄的鸡飞狗跳，但在云中，他已经开始集结兵力，决定在十月份攻入明军关内，攻打宣府和大同。
同时还有刘振奋在归德城配合，进军陕西行都指挥使司，将其攻占。
刘元昭在云中动员兵力两万余，刘振奋那边动员兵力三万余，而乌兰城的刘进忠领兵一万进入察哈尔部以西，震慑科尔沁等蒙古诸部。
刘元昭的兵力分部，在归德城已经扩军到五万，其中蒙番骑兵一万三，步兵营七个，战车营两个，骑兵营一个，辎重营两个。
云中兵力三万余，蒙古骑兵一万，两个战车营，两个步兵营，一个骑兵营，两个辎重营。
而在乌兰城，只有两万蒙古骑兵，不过装备轻炮，鲁密铳等火器。
刘元昭这一次不仅要拿下陕西行都指挥使司，同时进入宣大附近掳掠人口，补充到自己治下。
人口已经成为制约他发展的短板。