第二天，蒋介石带着夫人宋美龄默默地来到中山陵园，蒋介石站在中山陵墓前，感叹万千，想不到自己手里八十万大军，竟然没能抵住日军二十万的进攻。如今如丧家之犬，要离开南京。蒋介石感到无容，对不住孙中山对自己重托。他默然垂泪，远处的枪炮声此起彼伏，他是军事家，自然知道他走后的南京在日军的不断进攻下，一旦被鬼子占领，南京会变成怎样，他不敢往下想。他只有尽快离开这块危险之地，保了命再说。在士兵的鼻子底下，蒋介石带着夫人坐飞机悄悄地飞走了
蒋介石一走，唐生智就成了名副其实的南京王。也成了NJ市民关注的焦点。南京存亡全靠他的军事抵抗能力。他的知心者私下里不解地问他：“你一个聪明人，为什么做这等愚蠢的决定？南京明明是守不住的啊！”
唐生智轻松地：“这世界上有些事是靠是愚蠢人办的。我身为中国军人，国难当头，理当挺身而出。泱泱中华，岂能让恶寇横行！”唐生智慷慨陈词，在国家的存亡危难之秋，甘愿当一回愚蠢人。以唐生智的精明和才干，他完全可以学南京警备司令谷正伦那样，以身体不适为由，回湖南老家休养生息，审时度势，以图东山再起。可是他选择了后者，留在南京，希望出现奇迹，守住南京。
唐生智自从临危受命以来，看到蒋介石给自己留下的军队，虽然都是国军的精锐，可大都是从淞沪之战留下来的溃败之师，他是军事专家，深知战争讲的是实力，是军队的素质。如今国军士兵经过淞沪之战，磨平了杀唳之气，与鬼子的凶悍霸气成了鲜明的对比，加之武器落后，军队没有得到有效的休整和强化心里疏导和军事的训练。连作战指挥员都底气不足，这场守城之战自然毫无胜算。而日军士气高涨，武器精良。上有飞机，下有重炮。坦克战车。江面上有战舰，这是一场不对称的战争啊！在危难之中，自己以抱病之躯为蒋介石卖命，值得吗？可是，唐生智立刻为自己的这个决定做了辩护。认为自己在国难当头，挺身而出，守的是我堂堂中华的首都，不是为蒋介石一个人卖命，每次想到这里，一股热血在体内沸腾，觉得自己是军人的骄傲，民族的脊梁，他感到自豪，当了一回真正的军人。
11月二十五日，南京卫戍司令长官唐生智上将公开会见国内外新闻记者，在频频闪动的镁光灯下，唐生智的脸上充满了自信。尤其在这样的场合，唐生智深知今天自己的言行举止对这次守城官兵的深刻影响。虽然他身体一直有恙，但是，他不像谷正伦称病当逃兵，也不像何应钦白崇禧主张弃城而去，更不像手无兵权嘴上没毛的刘斐大放南京守不得的奇谈怪论。
唐生智：“本人奉命保卫南京是有信心的。第一，本人所属的部队都是蒋委长留下的精锐之师，都是忠于党国的军队。都有誓与南京共存亡的决心；第二，在这民族存亡之秋，我们的作战部队将以一当十，像天上的猎鹰，一旦发现猎物，扑上去，剥皮吃肉。倭寇想吞吐我泱泱中华，我们只有一句话：“灭了他！”
唐生智的话音一落，立刻赢得了热烈的掌声。南京各大报纸把唐生智夸为中国的战神，所有中国军人在国难当头，挺身而出，杀身成仁，何愁恶寇不灭！NJ市民自发组织市民，上街声援国军，坚决支持守城官兵抵抗日军。希望国军真正与南京共存亡。
唐生智感到自己自告奋勇留下来守南京决定是正确的，不管成败如何，他都感到无怨无悔。他做出了一个军人在国难当头，做出一个引以为傲的决定。军人笑卧沙场，是最高的荣誉。
为了表示自己与南京共存亡的决心，唐生智命令交通部长俞飞鹏把下关到浦口之间的渡轮停开，并下令所有的军用民用大船只一律交宋希濂的6师严加看管，包括长官部在内，不准留有一条船，违令者以军法论处。同时，唐生智下了一条死命令，命令驻防江北的胡宗南的第1军，凡由南京向北方渡江的任何部队或者军人，一律制止，如不从者，格杀勿论。此令一出，守城官兵一看退路已死，只有抱着拼死一战的决心。由于唐生智这道封江令，一下子使江面上看不见一只船的影子，整个江面上显得空空荡荡，只有那无尽的江水滚滚东流。
唐生智信誓旦旦，愿与南京共存亡！自己也抱着必死的决心，与日军进行殊死的战斗。他深知，在这场中日之战的较量中，战争的残酷是空前的。日军顽强的战斗素质，是**的煞星。从战争的态势看，南京三面是水，日军已经控制了长江天险，下一步就是想调军队完全包围南京。因为国民政府没有强大的海军和空军，南京已经成了一座成了孤城。
就唐生智而言，主动揽下这一棘手任务时，虽然有些头脑发热——他当时蹲在椅子上，一会儿跳下来，马上又蹲上去，被卫兵发现，认为“神经不正常”，笑话了很长时间——但亦有他的想法。
自1930年最后一次起兵反蒋失败后，他先后在南京政府内担任训练总监部总监、军法执行部总监兼军委会警卫执行部主任等闲职，无兵无权，寂寞已久，总想寻机东山再起，重振当年雄风。南京城防缺将，正给他提供了一个重掌兵权的机会。此时，他潜意识中还幻想着日军不会真正进攻南京，或是攻而不下，使战事旷日持久。那么，那时的他就可功成名就了。
在这种不切实际的思想指导下，唐生智着手组织南京卫戍司令长官部并部署南京城防，他率领主体从淞沪战场撤退下来的10余万疲惫之师，开始了南京保卫战。
一九三七年十一月二十六，气势汹汹的日军大本营正式下达了进攻中国“首都”的命令。而唐生智在11月下旬为抗击日军已经确立了保卫南京的战斗部署和序列，以重点防卫带动全城固守的战略思想，将总计十五万人的部队，分为外围阵地和复廓阵地两个梯次配备。对日作战的外围阵地为:江宁镇、牛首山、淳化镇、汤山、龙潭之线，由国民党第四十八师，第五十一师，第五十八师等部队守卫。复廓阵地为:雨花台、紫金山、乌龙山、幕府山及南京城垣，由德式装备的第三十六师，第八十八师、教导总队等“王牌”部队守卫。这时，唐生智已摆开与敌决一死战的阵势。
日军不仅武器装备精良，而且占有空军优势，这与守军部队装备差、新兵多的现状形成鲜明对比，从而令其得以步步向复廓挺进。其时，唐生智正带病在南京城指挥官兵抵抗。据《东方杂志》记载，“从12月7日起，京郊即展开空前壮烈的血战，雨花台下，麒麟门外，杀声震天，流血遍地，我战士无不以一当十。唐生智将军虽以负病之身，独亲自驾坦克车冒炮火督战，一时有‘南京疯子’之称。”唐生智的行为好似为国民党守军打了兴奋剂，官兵们在各自的阵地用血肉之躯抵抗日军的炮火，前赴后继，视国土重于生命。鏖战中，守军部队有的整连甚至整营全部牺牲。
而此时，病中的唐生智依然自驾坦克在南京城中亲身督战，驱驰于炮火之中。守城官兵们也和将军一样毫不畏惧，奋勇杀敌。法国路透社对当天的战事进行了报道:“昨晨以迄昨午，南京之战事不因日军司令官松井石根致牒唐生智将军要求和平入城而比较缓和，抑且光华门、通济门、中山门、紫金山一带之战事更形剧烈，自朝至午，未有片时停息。华军对于死守南京至为坚决，予日军以重大打击。日军调集重炮战车，倾其全力，猛攻东南面之南京城壁，并以大队飞机轰炸城垣，企图突破城墙而入。华军则沿城扼守，以机枪及迫击炮轰射，并以重炮向日军阵地轰击。双方炮火之密，几无一分钟时间之停息。”
唐生智率军殊死抵抗，让日军司令松井如意算盘落了空。松井在11日的日记中吁叹:“今晨，方面军指挥第十六师团、第一一四师团、第六师团从右侧开始攻打南京城。护城士兵的抵抗极其顽强。因为我军炮兵也无济于事，估计攻城需要两三天时间。”
12月12日，最激烈的战斗开始了。《北华捷报(the North china herald)》记载了这次战况:“12日晨，最激烈的战斗发生在中华门，或南门外，中国军队顽强地坚守着雨花台的堡垒。雨花台因其美丽透明的彩石而闻名全国，因此亦用以命名这座山丘，其意为――天上洒落的花瓣。”然而，此刻雨花台不是遍地花瓣，而是中国将士的尸身横陈。
唐生智知道，这种与日军打消耗战，很难长时间守住南京。只要日军撕开一条口子，日军一进城，守城很难再把日军赶出去。
唐生智苦无良策。