蓝莓学园篇，基本上就是校园生活，期间会有等离子团的事件。
由于设定上，麦克和等离子团没有见过，所以不但没有反应，反而因为听不下去等离子队的话，给人家揍了一顿，还骂了起来，还拿自己举例子，表示你们简直是扯淡，要是真的有那个心，应该反对大量买进宝可梦的自己。
等离子队人都懵了，自己人怎么打自己人了，很长一段时间没有出场，同时接下来就是普普通通的校园生活。
之后就是一段学园生活，竹兰和嘉德丽雅会来参观蓝莓学园，希洛教竹兰波导，嘉德丽雅期间超能力暴走，最后是麦克给嘉德丽雅打晕了收尾。
娜姿正好回来，嘉德丽雅拜娜姿为师，开始学习超能力。
接下来就来到了北上乡情节，蓝莓学园来的最早，希洛和麦克一起去走月月熊剧情。
小青也会来，小青的队伍是晴天队，带的是朱神，主要是电场队与晴天队比起来有些抽象，很难在通关流程中构成队伍。
这里设定的是小青才获得第一个道馆徽章，因此实力不是很强，而且根据这个时间线，除了妮莫，牡丹和派帕估计来不了夏令营。
到时候还会邀请关都和城都地区的学校来，阿杏是关都学园的学生，琴音、克丽丝和阿速是城都学园的学生。
让阿速来当学生，主要是阿速能和阿杏吵起来，说明两人岁数差不多，可能长的有些着急，显得成熟一些。
设定里，蓝莓学园来的早，小春只见到了丹瑜和乌栗，希洛和麦克在走月月熊剧情，希洛收服月月熊，麦克收服一开始就出现的阿利多斯。
接下来是宝伴剧情，三宝伴陆续被收服，丹瑜收服吉雉鸡，麦克收服够赞狗，阿杏收服愿增猿，希洛骑着蜈蚣王，完成打鬼祭，拿到异色小卡比兽，将其送给琉璃。
厄鬼椪是归小青的，好歹是朱紫主角，一个dLc宝可梦没有也太惨了，好歹得有一只啊，毕竟太乐巴戈斯小青是不会收服的，特性与晴天队冲突了。
夏令营结束后，乌栗的话，倒是没有黑化，希洛期间给乌栗做思想工作了，而且希洛回来的时候，赤松也是排到蓝莓学园第10名，主要是受到伊莎贝的部分指导。
顺带说一下，乌栗在这段期间收服一只捣蛋小妖，就是在蓝莓联盟冠军战的长毛巨魔。
又是一段校园生活，后来是交换生情节，希洛先是成为交换生，去橘子学园，这段是和麦克、丹瑜、白蕾雅一起去帕底亚考察环境，为蓝莓学园能够太晶化做准备。
同时会与小青接触，一起打朱紫剧情，星尘★之路主要是这里设定的是各位老大的宝可梦队伍都是二周目阵容，且天星队车都是统一的50级。传说之路的话，全部宝主宝可梦都是50级。
丹瑜期间收服一只迷你龙，这只迷你龙是乌栗在蓝莓联盟冠军战的那只快龙，丹瑜收服后，就送给了乌栗，希洛也是成为了冠军级训练家。
期间赤松成功打进蓝莓学园第5名，开始对战，最后艰难的击败了道格拉斯，却被纳莉击败，赤松被打败，止步于排名第四。
最后就是第零区剧情，不过是有些区别，设定上是密勒顿将故勒顿打跑的，两个博士是一起全没了，导致第零区有古代种有未来种。
希洛收服一些未来种，小青收服一些古代种，然后走剧情，这次是希洛与小青同时打弗图和奥琳，小青打弗图，希洛打奥琳，毕竟小青的晴天队打奥琳容易坑自己。
从第零区出来后，先是挨了克拉韦尔的批评，最后5人拿到了大师球。
希洛将自己的所见所闻告诉了白蕾雅，白蕾雅将其记录下来。
麦克倒是和蕾荷搭上关系了，了解了四灾的信息，便亲自去考察，拍照发给魂巫，问会不会不用找柱子就破除封印，魂巫回了能，不过需要准备。
希洛暂时回到合众后，正好是嘉德丽雅挑战塞西尔，嘉德丽雅成功继任四天王，至于为什么不打连武，那肯定输了，毕竟单一格斗属性队，肯定会做好对付超能力属性的对策。
希洛亲眼见证乌栗成功拿下蓝莓联盟冠军。
同时白蕾雅成功让蓝莓学园可以进行太晶化，并改进太晶珠的生产技术，使其能够大规模量产。
小青这个时候作为交换生来，就是蓝之圆盘剧情了。
还是有些部分进行修改，小青没有参与蓝莓联盟挑战，仅仅是玩了一下，没有对蓝莓联盟的制度造成影响。
此时麦克还在帕底亚呆着，暂时由妮莫、派帕、牡丹看管，麦克悄悄的上报安德夫，表示要不要进行四灾捕获行动，要是收服四灾的话，欧雷现在的局势就不太会陷入被动。
安德夫同意了麦克的意见，于是派出一些部队，分别是麦克的摩托化掷弹兵部队、火焰喷射器部队，水流喷射器部队和克劳德的宝可梦部队前去袭击。
铠匠作为火焰喷射器和水流喷射器部队临时队长，魂巫去解封，隐虫作为辅助，一起去捕获四灾。
欧雷部队来的时候，也慈和辛俐正坐飞机飞去合众，帕底亚联盟正准备调查零之大空洞，让欧雷这一波突袭，以为欧雷军队是拿下四灾和第零区。
在也慈落地后，也慈马上让全部联盟成员去阻止欧雷军队，四灾、帕底亚联盟和欧雷军队开始三方混战。
最后就是后期剧情，即零之大空洞剧情，这里的也慈和辛俐说的有事情抽不开身就是这个，欧雷军队开始进行侵略，于是让合众出一些人去探索零之大空洞。
希洛、丹瑜、乌栗、小青、白蕾雅一起去了，主要是探索大空洞，这段就是剧情，只不过没有乌栗抢的剧情，是尝试太晶化时太乐巴戈斯直接暴走，乌栗很给力的，且白蕾雅也派出了宝可梦。
y正好就是N之城的事情（黑白一周目的收尾剧情），道馆馆主、四天王和冠军也齐聚一起，打算阻止等离子队。
欧雷窃听部门知道了，安德夫马上派出大量远距离战术轰炸机前去轰炸，打算一举歼灭合众全部宝可梦强者。
而且安德夫知道这么做，接下来肯定会彻底打击合众，并且想要拿到太晶化，因此来了个更狠的，派出远距离海上巡逻轰炸机去轰炸蓝莓学园，并且安排了自己的空军元帅（击落过马志士的战机）去指挥。
在欧雷军队捕获四灾后，麦克说桌台市的橘子校园有大师球，于是这些部队去冲击桌台市，抢夺大师球，不过被击退了，欧雷军队就回去了。
合众这里，虽然人都没死没残，但都或多或少受了重伤，大多数主力宝可梦死亡，N的捷克罗姆被炸回黑暗市，七贤者全部被炸死
蓝莓学园除了生态巨蛋，生态核被抢走，蓝莓学园主体被炸毁，彻底沉入海底，造成大量人员死亡。
安德夫因此加强了在欧雷军阀内部的话语权，变得更加的兴奋，并准备对关都、城都和丰缘进行基因回收计划，洋流征服计划和大海征服计划。
在希洛从帕底亚回来后，人都傻了，塞西尔为了填补合众的财政亏空，打算去关都拍电影，拍的就是和波导的勇者照搬的内容。
然后去七之岛玩，正巧遇见叶子，帕底亚四人、丹瑜、乌栗报的旅行团正好是七之岛，于是一起旅行了一段后，就是超梦的逆袭剧情。
不同的是，梦幻没来，半截欧雷军队发动基因回收计划，迅速封锁超梦的超能力，将超梦控制起来，总指挥是克劳德。
在遇见超梦球和基因克隆机器，克劳德决定先搬机器和超梦球，克劳德拿出本来给希洛的钥石，麦克拿出超梦进化石x，对超梦强制超进化，并拿出暗黑共鸣石插入超梦身体中，强行控制起来。
希洛一人四两拨千斤，将超梦的暗黑共鸣石打碎，并夺回超梦进化石x与自己的钥石，不过见机器和超梦球都搬完了，于是决定临时撤退。
接下来就是城都篇，主要是普普通通的旅行，后期就是风来城的洋流征服计划，前半段是风来城的剧情，只不过不同的是，引发灾难的由火箭队三人组改成欧雷部队的纵火，目的是逼洛奇亚现身。
莉佳、阿蜜和小松也会加入这段剧情。
这次大家开始救火，只不过安德夫的摩托化掷弹兵部队、黑暗宝可梦部队、火焰喷射器部队和格丽塞尔达的白刃战部队，开始恐怖袭击，顿时变为一场混战。
哈桑也来了，带来自己的战列舰部队，等待着洛奇亚的现身，洛奇亚现身，被哈桑的战列舰部队击倒，落在地面上，最后被用超梦球捕获。
捷拉奥拉也会登场，与希洛一起对付克劳德和萨戮德，最后克劳德了解到洛奇亚被收服，于是便撤退，捷拉奥拉决定成为希洛的宝可梦。
为了转换心情，希洛与琉璃去丰缘玩，前期是平平淡淡的旅行，后面就赶上安德夫的大海征服计划。
这里的剧情发生时间是不会飞和胖头鱼在绿宝石中对峙的时间，小青也在，设定上海洋队和熔岩队是安德夫资助的，目的是召唤出盖欧卡和固拉多。
安德夫和哈桑派出大量的兵力，哈桑则是让战列舰部队将待着2个冠军，4个天王驶向天空之柱的部队被逼到梦幻岛，无法去召唤裂空座。
琉璃市受到了安德夫潜伏的特种部队袭击，最后经过一番苦战，赤焰松、水梧桐、亚当死亡，盖欧卡被收服，固拉多被收服，小青接下希洛抢下来的超梦球，将固拉多收服，随后欧雷军阀们全部撤退，还顺带顺走了海洋队乘坐的潜艇。
之后安德夫回到欧雷，和平统一了欧雷，封自己为元首，并创建了一个类似法西斯主义的意识形态。
安德夫带着欧雷，拿下地区联盟常任理事地区的席位，不过也就是好听而已，毕竟地区联盟本质就是一战后的国际联盟。
安德夫将合众变成孤岛，合众撤销了对所有地区的合作，与丰缘在城都问题上产生矛盾，安德夫因此更加厌恶丰缘。
同时安德夫看中在上一次世界大战中战败，民间对战争渴望十分强烈的卡洛斯，打算发展作为盟友，主要是给狮子头洗脑。
希洛去阿罗拉进行诸岛巡礼，期间帮助莉莉艾一家团聚，也是成为了阿罗拉初代冠军。
可是洛兹觉得欧雷迟早要开战，于是决定重启无极汰那计划，同时伽勒尔在阿罗拉的卧底知道属性：空可以发电，便联系安德夫全部抢夺属性：空，安德夫同意。
安德夫派出刚刚组建的潜艇部队出发，格丽塞尔达前去抢夺，期间格丽塞尔达将莫恩开枪射杀，当场死亡，随后带着属性：空（多余的，不是格拉吉欧的）逃跑。
下来是伽勒尔剧情，希洛是先去铠之孤岛学武，然后去伽勒尔地区，拿下第二个冠军，不过后来将冠军的位置还给丹帝了，丹帝也是期待希洛能再来。
接下来应该是卡洛斯剧情，只不过卡洛斯打算在Z-A出来后再写，所以这段没有故事，不过莎莉娜设定上是华依的性格，而且也算是一个小阿道夫。
之后就是神奥地区篇，麦克所属的黑帮的镇帮宝物——大白金玉，确定是与神奥的骑拉帝那有关。
希洛正好去神奥玩，又遇到欧雷军队，因为一系列的意外，麦克、希洛、竹兰和小光一起穿越岛洗翠世界，接下来就是洗翠篇，基本上就是剧情，没有什么特别的，期间狮子头上台，成为卡洛斯的权力顶端，并且与欧雷达成轴心阵营。
波克兰帝斯和欧雷联系上来，但没空管它，最后卡洛斯觉得应该带一个盟友，最后的决定是救出麦克后，将波克兰帝斯建国在乱世地区。
洗翠篇结束，四人带着小照穿越回乱世地区，后来成功联系上了地区联盟，接下来乱世军事学院篇开始了，至于为什么叫这个名字，参考二战的西班牙军事学院。
欧雷、卡洛斯趁此，借应麦克这个理由，对乱世发动侵略战争，扶持波克兰帝斯作为新政权，合众、神奥、帕底亚、阿罗拉、关都、城都组成地区纵队进行援助。伽勒尔和丰缘表示旁观。
最后地区纵队战败，波克兰帝斯在乱世地区建国，波克兰帝斯、卡洛斯和欧雷签订互助条约，并建立轴心同盟阵营。
最后开始讨论三方如何瓜分世界，最后决定欧雷占领丰缘、城都、关都、北上乡和阿罗拉，卡洛斯占领合众、伽勒尔、蓝蒂尔、边境小岛群（第三世代收服梦幻的地方）和坚铁，波克兰帝斯占领乱世、神奥、菲蕾、奥卜利比亚和阿尔米亚。
过了几年，欧雷、卡洛斯、波克兰帝斯、与丰缘、伽勒尔、合众签订互不侵犯条约。
次年春天晚上，欧雷对湛蓝市发动突袭，随后在满金市和浅葱市发动侵略战争，世界大战正式开始。
次日早上，欧雷、卡洛斯退出地区联盟，安德夫下令轰炸地区联盟总部，地区联盟解散，同时期卡洛斯向帕底亚宣战。
欧雷军队以惊人的速度，征服了城都，并迅速占领了关都大陆，并使用制导导弹逼迫关都宝可梦联盟投降，关都的宝可梦联盟决定投降，并迁移到七之岛和橘子群岛中（类似维系法国）。
同时帕底亚被卡洛斯占领，成为卡洛斯属帕底亚，莎莉娜被封为帝国元帅。
合众高层对此展开议论，觉得已经签订互不侵犯条约，外面的事情跟自己完全没有关系。
希洛觉得这样没有意义，于是自己上去，直接篡位，成为了合众地区的最高领导人，并宣布合众转换被战时经济，进行总动员，以面对轴心同盟的侵略，还顺带来了一场大清洗，将所有反对自己阻止轴心同盟的人全部处死。
面对关都几乎无损失海军，由于关都宝可梦联盟打算骑墙，希洛制定了类似弩炮计划的行动，关都海军的家底几乎全部打没，向世界证明自己反轴心同盟的决心。
由于波克兰帝斯表现的太拉，连个菲蕾都打不过，欧雷于是去给擦屁股，并一路占领北上乡、菲蕾、阿尔米亚，并直取神奥，奥卜利比亚宣布加入轴心同盟，与欧雷、波克兰帝斯一起进攻神奥。
奥卜利比亚正式成为波克兰帝斯的附属地区，同时期，卡洛斯对坚铁宣战。
合众马上派出远征军支援神奥，最后阿尔宙斯都上场，最后欧雷打光一半制导导弹库存，打败了阿尔宙斯，成功占领神奥，合众军队上演了一个宝可梦版的敦刻尔克大撤退。
合众军队和神奥流亡势力直接没了一半，神奥在合众建立了流亡政府，波克兰帝斯成为了欧雷的小弟（类似德国和意大利的关系），麦克被封为帝国元帅。
面对卡洛斯的攻势，坚铁宣布投降，加入了轴心同盟，并成为卡洛斯的附庸。
欧雷接下来征服阿罗拉，希洛也是派出远征军，面对光辉大神，欧雷把剩余的库存也和拿了出来，光辉大神战败，欧雷再次赢得胜利。
卡洛斯进军伽勒尔附近的蓝蒂尔地区，该地区为非军事地区，伽勒尔表示默许，最后卡洛斯成功占领了蓝蒂尔地区。
最后阿罗拉战场也是溃败，阿罗拉被占领，虽然神奥战场和阿罗拉战场溃败，但也是积累和许多和欧雷军队作战的经验。
伽勒尔与轴心同盟达成协定，给予轴心同盟军事通行权和驻港权，同时对合众暗地里保证，如果合众能打出一场胜仗，伽勒尔会对轴心同盟宣战，并对合众送一些宝可梦和道具来支援，也是骑墙。
不过从外界来看，伽勒尔这是有可能加入轴心同盟，现在除合众的全世界人民都认为安德夫发明的意识形态是这个世界的最终道路，是历史发展的必然。
被占领的地区为了别被轴心同盟的人压迫的太惨，于是或多或少都会公开支持轴心同盟。
随后欧雷撕毁互不侵犯条约，对丰缘发动侵略战争，由于欧雷打的太厉害，丰缘直接沦陷，并在丰缘发动了大屠杀，打算对丰缘进行种族灭绝，随后对合众宣战。
由于欧雷过于丧心病狂，成为帝国元帅的莎莉娜看不下去了，于是进谏打算阻止欧雷的行为，结果被关禁闭了，莎莉娜打算效仿希洛，来一场篡位，并提前联系了希洛，希洛表示收到。
希洛发布演讲来振奋士气，表示现在全世界现在只剩下合众一个阵营，要保卫家园，必须拿起武器反抗，
随后卡洛斯先占领青海波市，对合众宣战，等待卡洛斯陆军到来，欧雷作为同盟进行支援。
希洛觉得欧雷优先解决，于是与欧雷进行作战，海军部队与部分陆军在杰克罗拉群岛进行战争，最后丢了杰克罗拉群岛，但欧雷海军部队受到重创，损失7成。
随后到了合众大陆，双方在吹寄市发动了大决战，卡洛斯军队都不管了，直接任由他们入侵，最后合众艰难守住本土，麦克和克劳德被当场杀死，欧雷陆军和空军损失8成。
波克兰帝斯打算变为中立，安德夫马上对波克兰帝斯进行占领，同时将波克兰帝斯灭族。
伽勒尔首领丹帝立即宣布与合众共进退，莎莉娜篡位成功，宣布退出轴心同盟，与希洛联合，将杰克罗拉群岛和卡洛斯占领区还给合众，并对欧雷这种残暴的民族表示嗤之以鼻，并解放全部占领地区。
随后开始不断的进行解放战争、阿罗拉、北上乡、神奥、菲蕾、阿尔米亚、关都、城都、丰缘被解放，奥卜利比亚领导的尸体被倒吊示众。
安德夫见兵力不是优势，占领的地区又被解放，宣布无条件投降，愿意接受审判。
不过审判过程是真的让希洛麻了，安德夫对除合众以外的地区放出消息，绥靖自己侵略行为和支持自己和自己所创造的意识形态，按照战争法都是战犯，要是不想自己被倒吊示众，必须帮全部欧雷军人脱罪。
因此，除了合众，其他地区代表都在和稀泥，整个审判过程是一团乱麻，最后一个欧雷战犯没有被审判，给希洛气的，直接来了一个元首的愤怒，把所有地区的领导层都给骂了一边。
现在没有一个地区被打的根本不能继续打下去了，欧雷被安德夫改造的整个地区都是马奇诺防线，只能硬冲，几乎有来无回。
最后希洛决定加入维和部队，并决定亲自上场，并说谁愿意加入这场战争，陆陆续续有人加入维和部队。
然后希洛带着临时凑的一个也就50人的队伍，去欧雷进行反恐行动，将安德夫的军阀势力铲除，轴心同盟彻底被铲除，世界重归和平。
——本书完结。